O exFAT exige, no mínimo, uma versão atualizada do Windows XP, portanto, é um pouco menos interoperável do que o NTFS. Além disso, se você for usar com um Mac, isso exigirá que o Snow Leopard e o Linux ainda tenham suporte utilizável.
Para uma boa lista de vantagens e desvantagens, consulte o artigo da Wikipedia aqui: link