Eu esperaria que o primeiro 1MB não alocado seja porque os gerenciadores de partição modernos levam em conta o fato de que eles podem estar criando uma partição em uma unidade com setores de 4kb ou um SSD e assim o gerenciador de partição (por questões de simplicidade) usará uma abordagem "one size fits all" em vez de calcular todas as variações possíveis que funcionarão para cada tipo de unidade.
As unidades e os SSDs de 4 kb Formato Avançado exigem que as partições sejam alinhadas ao cluster (ou à célula de apagamento de SSD) para um desempenho otimizado e a diferença de 1 MB no início do disco é uma boa figura comum que funcionará para ambos os tipos.
Com uma unidade de várias centenas de gigabytes, 1MB não é nada para se preocupar.
Quanto aos 2MB no final da unidade, é possível que qualquer gerenciador de partição tenha sido usado simplesmente arredondando para cima ou para baixo em algum número em particular e acabe com um pequeno espaço sobrando no final do disco quando ele for criado a partição. Eu já vi isso acontecer com bastante frequência em várias unidades e de vários gerenciadores de partição de sistemas operacionais.
A longo prazo, você provavelmente não deve se importar, já que 3MB é uma quantidade minúscula de espaço em comparação com as unidades modernas de centenas de gigabytes, e a recuperação não significa que você pode armazenar muito mais dados, talvez 1 mp3 ou alguns documentos.