O histórico de mensagens do Skype é armazenado em apenas um arquivo: no Windows 7, é C:\Users\<yourname>\AppData\Roaming\Skype\<yourskypename>\main.db
. Tente copiar este arquivo para a outra conta (enquanto o Skype não estiver rodando, obviamente). Eu não tentei isso, mas eu tenho restaurado com sucesso todos os meus logs de mensagens com apenas este arquivo de backups.
Se você acabou de copiar toda a sua pasta AppData\Skype\
, não funcionará se você não alterar a parte <yourskypename>
de acordo com o nome da sua outra conta. Mas isso deve ser tudo o que há para fazer! Deixe-me saber se funcionou.