Suspeito que [L1] e [L2] são telas X separadas (: 0.0 e: 0.1) em oposição a sessões X separadas (: 0 e: 1, executando startx duas vezes.) O Synergy só pode ser configurado para usar [L1 ] então você pode ter que adicionar uma terceira entrada no arquivo de configuração para [L2], tratando as duas telas X11 como se fossem PCs separados.