Existem algumas alternativas:
- Comandante do Gnome
- Krusader (embora exija bibliotecas do KDE)
- emelFm
- Comandante da meia-noite (roda no terminal)
Além disso, o Nautilus - o gerenciador de arquivos embutido no GNOME e, portanto, no Ubuntu - pode mostrar dois painéis em uma janela (pressione F3). Às vezes isso é suficiente para copiar alguns arquivos.