Você tem o RightZoom instalado? Crie uma exclusão para o Adobe Reader no RightZoom (Cmd + clique em aplicativo RightZoom).
Espero que isso resolva seu problema; Eu apenas resolvi isso no meu próprio sistema hoje.
(Se você não tiver o RightZoom instalado, abra uma conta de convidado e faça o login nele e veja se o Reader está lento lá. Suponho que seja alguma incompatibilidade entre o Reader e outro aplicativo ou o hack de configuração.)