Específico para handbrake idk, mas aqui está um exemplo de comando mencoder em mencoder -vop pp=de,scale=548:222 -oac copy -ovc lavc -lavcopts keyint=25:vcodec=mpeg4:vbitrate=679:vpass=1 -sub "Domino.srt" -o "Domino_with_subs.avi" "Domino.avi"
daqui: link