I am sure one of them would be an extended partition as only 3 primary partitions are allowed.
Não, você pode ter 4 partições primárias em um disco rígido. Isso faz não deixar espaço para outras partições nesse HDD.
How can I create a extended partition of my chosen size (50GB) in the current set of partitions?
Você não pode. Você deve converter um primário em um primeiro estendido. Certifique-se de ter um backup antes de tentar.
Can I use this 50 GB that I want to create, for installing Ubuntu. Would it boot from this extended partition?
Sim, você pode instalar e inicializar o Ubuntu a partir de uma partição estendida. Pode ser necessário instalar o carregador de inicialização (grub) no MBR.
Does that extended partition to install ubuntu need to be formatted to ext2 or something. If yes Can diskpart do that?
Não tente mexer nas partições Linux do Windows. Apenas deixe os 50GB sem formatação.