O LILO (veja a página de manual para alguns arquivos de configuração) é um bootloader e um muito antigo para isso. Ele é anterior a GRUB . Hoje em dia você verá que a maioria dos sistemas instalará o GRUB. O GRUB 2 (a segunda edição do GRUB) é o gerenciador de inicialização e gerenciador padrão do Ubuntu desde a versão 9.10 (Karmic Koala).
Wikipedia tem isto a dizer sobre o LILO:
O LILO foi o carregador de inicialização padrão para a maioria das distribuições Linux nos anos após a popularidade do loadlin. Atualmente, a maioria das distribuições usa o GRUB como o carregador de boot padrão.
O LILO não depende de um sistema de arquivos específico e pode inicializar um sistema operacional (por exemplo, imagens de kernel do Linux) a partir de disquetes e discos rígidos. Uma de até dezesseis imagens diferentes pode ser selecionada no momento da inicialização. Vários parâmetros, como o dispositivo raiz, podem ser definidos independentemente para cada kernel. O LILO pode ser colocado no registro mestre de inicialização (MBR) ou no setor de inicialização de uma partição. No último caso, algo mais deve ser colocado no MBR para carregar o LILO.
No início do sistema, somente os drivers do BIOS estão disponíveis para o LILO acessar os discos rígidos. Por esse motivo, com o BIOS muito antigo, a área acessível é limitada aos cilindros de 0 a 1023 dos dois primeiros discos rígidos. Para o BIOS posterior, o LILO pode usar o "endereçamento de bloco lógico" (LBA) de 32 bits para acessar praticamente todo o armazenamento de todos os discos rígidos que o BIOS permite acesso.
Eu duvido seriamente que você tenha o LILO instalado. Onde você viu que tem o LILO? Se você tiver um Ubuntu de inicialização dupla com o Windows, deverá haver o GRUB instalado em sua máquina. Eu não acho que você pode instalar o LILO a partir do CD de instalação (bem, pelo menos não sem usar a instalação alternativa, onde você pode obter um menu com as etapas de instalação).