Acredito que o que você está procurando seja chamado de "firewall baseado em aplicativo". Pesquisando para isso não aparece nada útil atualmente para o Ubuntu (ou Linux em geral). Costumava haver um chamado TuxGuardian, mas parece ter sido abandonado em 2006 (não tente usá-lo).
No entanto, é possível impedir que aplicativos acessem a rede usando o AppArmor e criando perfis para o (s) aplicativo (s) que você deseja bloquear. Note que eu não conheço nenhuma GUI "amigável ao usuário" para configurar o AppArmor no Ubuntu - é estritamente um editor de texto e uma operação de linha de comando, então se você for iniciante no Linux você pode evitar isso.
Aqui é a página da comunidade Ubuntu para o AppArmor para você começar.
Aqui são as regras que você vai querer usar em seu (s) perfil (s).