Desculpe se isso é óbvio, mas talvez eles ajudem você a ver várias coisas:
Você tem uma boa conexão com a internet? As listas de pacotes são baixadas e comparadas antes de acontecerem upgrades. Conexão ruim pode causar interrupção.
Você tem um CD ou DVD que pode reinstalar apenas o gerenciador de pacotes?
Este é o ÚNICO problema que você está tendo com o sistema?
Você verificou as caixas apropriadas onde ele pergunta de que fontes extrair os pacotes? Eu suponho que sim, se você tem a versão anterior, mas como eu disse, é melhor perguntar do que ignorar.
Tente o outro método de atualização - se gráfico, tente o apt-get, ou vice-versa.
Hotei