Você pode querer analisar a Duplicidade . Ela produz arquivos criptografados que podem ser carregados em vários tipos de armazenamento, entre eles o Amazon S3. Faz uploads incrementais:
Duplicity uses a standard backup scheme in the sense that for the first backup, duplicity performs a full backup. Additional backups are stored in separate files and record only changed files.
Existem também outros aplicativos de backup para o S3. Veja por exemplo link