Eu uso o Sharepoint para gerenciar projetos o tempo todo, mas é muito diferente do MS Project. O Sharepoint me fornece muitas listas e tabelas de forma livre que me permitem gerenciar coisas como informações recebidas, documentos emitidos, relatórios preparados, refezeces, avaliações de risco, etc. Você pode configurar visualizações para fornecer algumas informações básicas, como quantos comentários ainda precisam ser endereçada, qual é o status atual de xxxx etc. Como uma ferramenta de gerenciamento de projetos, ela pode, portanto, gerenciar todo o processo.
O MS Project é adequado para planejar um projeto em termos de tempo e recursos e, em seguida, monitorar o progresso dos projetos em relação a esse plano. Isso dá uma ênfase muito diferente em comparação com o Sharepoint. É mais adequado para gerenciar projetos maiores com restrições específicas de tempo e recursos e muitas interações complexas. Não necessariamente ajuda a gerenciar um projeto, é mais uma ferramenta de planejamento e monitoramento.
Qual deles depende muito de como você gostaria de gerenciar um projeto, mas eu não diria que ou é mutuamente excludente. Ambos alcançam coisas diferentes, mas você também pode obter o básico de usar outras abordagens menos sofisticadas.