Eu tive um problema parecido, não consegui deletar uma pequena partição U3 na minha pen drive USB sans disk cruzer.
Eu tentei fazê-lo dentro do utilitário de disco do windows e usei o diskpart no prompt de execução.
o seguinte não funcionou para mim, a partição u3 que apareceu como um CD no meu computador não pôde ser excluída:
O formatador SD 4 também não funcionou:
link
A ferramenta U3 não funcionaria para mim no Windows 7
e
o da sourceforge
teve sorte através do site sans disk:
link
que também pode ser encontrado em instructables