Para limpar o proxy, você pode usar um arquivo de registro que o script chama para desativar o proxy.
Adicione isso a um arquivo .reg e execute-o no logon.
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings]
"ProxyEnable"=dword:00000000
Alternativamente, um arquivo vbs para ser executado e desativado:
Option Explicit
Dim WSHShell, strSetting
Set WSHShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
WSHShell.regwrite "HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\ProxyEnable", 0, "REG_DWORD"
Este não é o meu código e deve ser verificado minuciosamente, embora com uma rápida olhada parece bem.
Você pode usar os GPOs para alterar todas as configurações nas máquinas. Isso seria muito mais simples se você se sentir confortável com a Política de Grupo.
Espero que ajude