Presumivelmente, a rotina de backup está lendo o conteúdo completo de cada arquivo na Unidade USB para determinar se o arquivo foi alterado.
A maneira de fazer isso é usar algo que possa excluir rapidamente arquivos que tenham o mesmo tamanho e registro de data e hora na origem e no destino. Estou certo de que existem muitos programas que fazem isso, o que eu costumo usar é Além da comparação . Não é gratuito, mas há uma versão de teste para que você possa testar para ver se funciona.
Configurado de maneira adequada, ele pode informar rapidamente quais arquivos precisam ser salvos em backup usando apenas uma varredura de diretório e esses arquivos são copiados sem ler o conteúdo existente na unidade USB.