Eu não usei o rTorrent desde que encontrei outro cliente de torrent similar (então meu conhecimento pode estar desatualizado agora). Quando eu usava o rTorrent, ele armazenava em cache apenas os blocos que estavam ativos no momento; seja por leechers ou pelo próprio cliente write-caching. A menos que algo tenha mudado, o rtorrent não armazenará blocos inativos em cache.
O sistema operacional armazenará em cache algumas das leituras e você poderá ajustar o sistema operacional para armazenar mais em cache.