Parece que você se beneficiaria da configuração de um filtro por meio da interface da Web do Gmail para marcar mensagens com o nome de uma subpasta. Suas tags no Gmail serão exibidas como subpastas no seu cliente de e-mail preferido.
Por exemplo, estou usando o Thunderbird e o Gmail, e tenho um filtro configurado no Gmail para marcar e-mails de notificação com uma tag chamada Notification. Aquela tag, quando abro o Thunderbird, aparece como uma subpasta e vejo qualquer mensagem marcada como Notification nessa pasta.