Você acertou:
(setenv "PATH" "some;/path/that/you/want;/really/this/is/the/path")
A grande questão é, por que você quer que o caminho seja diferente dentro do Emacs? É para dizer ao Emacs para encontrar os aplicativos apropriados para ispell
ou shell
? Existem maneiras mais diretas de resolver esses problemas.