Não há uma maneira direta de fazer isso.
Existe uma solução um tanto tediosa que depende do tee muxer e um palpite do número máximo de fluxos de áudio que você pode encontrar. Digamos que seja 4.
Então, o comando é
ffmpeg -i in.mp4 -c copy -map 0:a?
-f tee
"[select='a\:0':onfail=ignore]in-0.aac|[select='a\:1':onfail=ignore]in-1.aac|
[select='a\:2':onfail=ignore]in-2.aac|[select='a\:3':onfail=ignore]in-3.aac"
Todos os quatro arquivos serão criados, mas se o tamanho for zero, o fluxo não existe. Portanto, depois de excluir todas as saídas de tamanho zero, você terá extraído todos os fluxos. O FFmpeg não seleciona automaticamente o formato de saída, portanto, os fluxos precisam ser AAC. Use uma versão recente do ffmpeg, 4.0 +