Pelo que entendi, o prompt sempre significa que os arquivos estão sendo usados no volume que você está tentando converter.
Você pode tentar converter o formato no modo de segurança para verificar.
Ou você pode usar o programa unlocker para ver quais processos têm identificadores abertos para qualquer arquivo em uma unidade.
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Além disso, você pode clicar com o botão direito do mouse no File Explorer e escolher a opção de formato para verificar se funciona bem.
Por favor, note: faça um backup dos dados importantes primeiro.