Eu posso ver vários motivos:
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Primeiramente, é desencorajado usar o usuário root (razões explicadas aqui ) e você deve sempre preferir usar o sudo. De fato, o sudo segue o princípio de segurança em que cada usuário / aplicativo deve ter apenas os direitos mínimos exigidos. Se você usar a conta root, todos os aplicativos ganharão direitos de root, que não são necessários para todos.
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Usuários autorizados ssh também não podem ser sudoers
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Também é recomendado (como prática recomendada) proibir login de senha e permitir mecanismos de autenticação sem senha, como chaves ssh. Nesse caso, mesmo que um invasor possa efetuar login, ele ainda terá que adivinhar a senha do usuário para executar o comando sudo.
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Eu esqueci um motivo, olhando para logins ssh com falha em meus logs, o root é comumente usado para bruteforcing.