Sim, você pode criptografar duplamente a unidade da maneira prevista, mas ela não tem muito valor a um custo extra significativo.
O Linux usa um conceito de dispositivos de bloco e você pode ter níveis de criptografia em camadas, cada um atuando no bloco acima. Luks usa um dispositivo de bloco e fornece outro dispositivo de bloco com os dados não criptografados.
Eu não tenho (e não vejo razão para) usar FDE em uma unidade criptografada, no entanto, vários blocos são comuns - por exemplo, RAID de software (nível 1) fornecendo um bloco DRBD (nível 2) para fornecimento de LVM (nível 3) A criptografia (nível 4) é uma maneira totalmente normal de configurar as coisas - e, sim, dependendo do seu objetivo exato, você pode colocar camadas de maneira diferente.