Você só pode desabilitar o Hyper-V na inicialização, já que ele é carregado no sistema operacional. O sistema operacional "host" é, na verdade, uma máquina virtual especial executada em cima do Hyper-V.
C:\>bcdedit /copy {current} /d "No Hyper-V"
The entry was successfully copied to {*xxxx*}.
C:\>bcdedit /set {*xxxx*} hypervisorlaunchtype off
The operation completed successfully.
Isso lhe dá um menu de inicialização onde você pode escolher se deseja iniciar com o Hyper-V ou não.