De link
Desde o Hardy, é possível reinstalar o Ubuntu sem perder o conteúdo da pasta / home (a pasta que contém o programa configurações, favoritos da Internet, e-mails e todos os seus documentos, músicas, vídeos e outros arquivos de usuário). Isso pode ser feito mesmo que / home não esteja uma partição separada (que é o caso, por padrão, se você não separar manualmente ao instalar o Ubuntu originalmente).
No instalador, você tem a opção de reinstalar. Se bem me lembro, o instalador declara que documentos, músicas, etc. serão mantidos, o software será mantido sempre que possível e as configurações do sistema serão apagadas.