Acabei de experimentar um problema de permissão semelhante com uma instalação do npm. Mesmo se eu criei a pasta e fiz chown e chmod, ela terminou com esse erro de permissão.
Aqui o que funcionou para mim:
faça o login como root - sudo su
execute o comando npm install com o sudo
Não tenho certeza se é o mesmo problema que eu tive, mas vale a pena tentar ..