Todas essas opções afetam SOMENTE o arquivo .pst que você está criando.
Não sei com que exatidão o Outlook compara para determinar uma duplicata, mas ao ler essas três opções, a segunda teria a menor perda de dados, pois permitiria que e-mails duplicados fossem retidos como mensagens exclusivas; também resulta no maior tamanho possível de .pst.