Fazer um du nas pastas da máquina do tempo mostraria quando muitos arquivos foram excluídos.
cd {time machine folder}
du -s *
Basta procurar uma grande alteração no tamanho do backup anterior. Então você precisará fazer uma comparação na listagem de arquivos.
find {backup folder1} > index1.txt
find {backup folder2} > index2.txt
diff index1.txt index2.txt
[editar]
Venha para pensar sobre isso, você pode comparar o número de arquivos em cada backup até encontrar um com muito mais arquivos. Eu suspeito que isso seria mais rápido do que calcular o tamanho de cada conjunto de backup.
find {backup folder} | wc -l
Além disso, se você quiser uma solução gráfica, tente "Obter informações" em cada pasta.