Primeiro, para responder ao problema de somente leitura dos programas. Como o compartilhamento de rede é controlado pelo Windows, o Windows só permite que certos usuários façam coisas. Pode ser um compartilhamento público, ou seja, qualquer pessoa pode visualizá-lo para baixar arquivos ect, mas não alterá-lo, a menos que especificamente adicionado para poder fazer isso. Desde que você está usando o Mac, que é semelhante ao Linux. Nem todo aplicativo linux que você está usando, está usando o mesmo nome de usuário com o qual você está atualmente conectado em seu Mac ou Linux. Portanto, uma vez que o programa não está usando o seu nome de usuário logado, não é dado privilégio para editar os arquivos de acordo com as janelas, já que o nome de usuário não corresponde.
Em segundo lugar, o Rsync é recursivo. Significado, ele passará por todos os diretórios. A menos que você o limite a um diretório específico, mas mesmo que você o limite para um diretório, ele continuará passando por todos os diretórios que estão no diretório de onde ele começou. É isso que ele projetou fazer. Daí a sua sincronização recursiva chamada. Agora, o motivo para a atualização dos diretórios e não dos arquivos pode ser como o rysnc está obtendo o registro de data e hora dos diretórios. Pode ser que, como os diretórios do Windows 10 não tenham um registro de data ou hora modificado ou acessado, apenas um registro de data quando o diretório foi criado, enquanto os arquivos possuem todos esses carimbos de data e hora, o que o rsync usa para determinar se precisa atualizar diretórios ou arquivos.