Eu finalmente encontrei a solução.
No meu caso, eu tive que parar todas as VMs em execução antes de iniciar a configuração e isso funcionou.
Estou tentando atualizar o Hyper-V Server 2016 Core do Hyper-v Server 2012 R2, mas quando executo o assistente de configuração depois da tela "Tornando claro que você está pronto para instalar", a próxima tela fica vazia.
Não tenho certeza do que está acontecendo aqui.
Depois de esperar um pouco mais, vejo que o assistente de configuração está congelado, mas ainda não tenho certeza do motivo. Tentei em dois servidores diferentes.