Você precisa fazer o download da imagem de instalação deste link e executá-la manualmente para atualizar o docker. A seção que inclui o link de download está no pop-up de atualização da seguinte forma:
Important
The auto update function will unfortunately not be able to install this update. To upgrade, please install the 1.12.1 release manually by downloading the installer from:
https://download.docker.com/win/stable/InstallDocker.msi