OK, resolvido isso. A questão da divisão vertical (ctrl-f2) foi causada por um mapeamento de teclas padrão do Xubuntu, que tinha a ver com alternar entre espaços de trabalho (basta ir ao gerenciador de configurações > window manager > keyboard e limpar a tecla Ctrl F2 associada à área de trabalho 2. Agora você pode fazer divisões verticais no byobu).
Os outros problemas de redimensionamento de divisões (alt-shift-up / down) e comutação entre divisões horizontais (shift-up / down) foram corrigidos alterando as preferências do terminal
desmarcandoacaixadeseleção"Rolar única linha usando as teclas Shift-Up / -Down".