Se você usou o git, você está com sorte para os arquivos e pastas que não estão na lista de ignorar o git.
Primeiro, defina o git para diferenciar maiúsculas de minúsculas. Por padrão, isso foi definido como verdadeiro para o Windows:
git config core.ignorecase false
Verifique a lista de nomes de arquivos com maiúsculas e minúsculas. O Windows desordenou:
git status
Agora, exclua os arquivos e pastas que estão bagunçados. Não exclua arquivos git ignorados!
Agora, recupere seus arquivos excluídos como estavam antes de o Windows alterar o caso:
git checkout .
Ainda outro motivo para sair do Windows.