Isso geralmente acontece se um programa de terceiros tentar gravar em configurações de associação de arquivos (userhoice key) para definir a si mesmo como o padrão. O Windows 10 (e o Windows 8) incluem um mecanismo de hash para verificar isso e não querem que programas de terceiros gravem diretamente em associações. Se detectar um hash ausente ou inválido, as associações serão configuradas como padrões do Windows 10 (geralmente a aquisição de aplicativos modernos).
O sistema operacional espera que os aplicativos direcionem os usuários para os Aplicativos padrão (o IE faz isso corretamente, por exemplo) ou o applet Programas padrão, em vez de fazer alterações diretamente na chave de escolha do usuário.
Portanto, a correção final é desativar a "verificação de associação de arquivos" nos respectivos programas. Uma vez feito isso, reconfigure os padrões via Apps Padrão. O problema não deve mais ocorrer.
Caso a redefinição de associação ainda ocorra, confira a correção em "Um padrão de aplicativo era Redefinir "Windows 10 redefinindo associações de arquivos (correções de registro)