As configurações padrão do Beyond Compare no Folder Compare usam o tamanho do arquivo e o timestamp modificado para comparação.
Para comparar o conteúdo dos arquivos selecionados, use as ações > Compare o comando Contents.
Para comparar o conteúdo do arquivo de todos os arquivos, clique no botão da barra de ferramentas Regras (ícone do árbitro). Na guia Comparação, marque Comparar conteúdo e selecione Comparação de CRC, Comparação binária ou Comparação baseada em regras. Essa configuração é salva com as configurações da sessão, portanto, se você carregar uma sessão salva com ela ativada, ela comparará o conteúdo à medida que a sessão for carregada.
Se você quiser a mesma comparação de conteúdo que um clique duplo para visualizar o conteúdo do arquivo, selecione Comparação baseada em regras. Ele usa a lista em Ferramentas > Formatos de arquivo para comparar o conteúdo do arquivo com base na máscara de arquivo. Os arquivos Txt são comparados como texto, png como imagens, etc.