O EXT4 suporta os mesmos timestamps e precisão que o NTFS faz, mas seus metadados e estruturas de ACL são completamente diferentes. Se você deseja preservar metadados NTFS e ACLs em um sistema de arquivos EXT4, você precisará de um formato de contêiner que suporte essas coisas. Você também deve "empurrar" os dados do Windows em vez de "puxá-los" do servidor de backup.
Felizmente, há vários formatos de contêiner disponíveis que podem fazer isso. O formato VHD da Microsoft é provavelmente sua melhor aposta. Eles não são apenas para máquinas virtuais. O Windows permite montar VHDs como uma letra de unidade nativamente no Gerenciador de Discos. Você pode então usar o TeraCopy / RichCopy / FastCopy, etc para copiar os arquivos para ele.
Além disso, o formato WIM da Microsoft também suporta metadados e permissões NTFS, e você também pode montar um arquivo WIM. A desvantagem do WIM é que você deve desmontar / confirmar alterações quando estiver pronto e é terrivelmente lento. No entanto, a ferramenta para gerenciar arquivos WIM (DISM) é incorporada ao Windows e preserva metadados e ACLs por padrão. Se você inicializar o Windows offline (em um ambiente Windows PE), poderá clonar o sistema operacional inteiro em um WIM, sem necessidade de ferramentas de terceiros.
Existem também opções de terceiros disponíveis. O WinRAR é capaz de fazer backup dessa informação e é gratuito (mas não de código aberto). Há também o Acronis TrueImage, que é um software de backup comercial, mas suporta todos os recursos do NTFS.
Realmente, você tem muitas opções aqui, mas o EXT4 e o Linux não são suficientes para suportar as estruturas de dados NTFS que você está tentando preservar.