Tudo gira em torno da ordem dos dispositivos BIOS. Primeiro, o BIOS classifica dispositivos em várias categorias, sendo um deles discos rígidos (incluindo IDE e SATA, geralmente), outro é unidades ópticas, outros são dispositivos USB. Então, dentro de cada categoria, apenas um dispositivo é eleito para ser considerado para a escolha do dispositivo de inicialização (aquele que você poderia eventualmente escolher após pressionar F12, por exemplo). Parece-me que, no seu caso, a porta SATA para a unidade óptica tem maior prioridade do que a porta SATA usada para a unidade de disco rígido comum; assim, apenas o Drive-1 é considerado como um possível dispositivo para inicializar. : - (
Algumas configurações da BIOS (mas não todas) têm outra configuração (além da "ordem de inicialização" normal) que permite alterar a ordem dos dispositivos de disco rígido; se o fizer, é tão fácil quanto entrar na configuração da BIOS com ambas as unidades conectadas e ajustar a ordem.
Senão, eu acho que você será obrigado a trocar os plugues entre o Drive-2 e a unidade óptica; quando funciona bem (isso pode exigir uma ou duas reinicializações para permitir que o sistema operacional ajuste suas referências internas, por exemplo, no BCD), você pode tentar conectar a unidade 1 em vez disso e ela deve funcionar.
Além disso, conectar portas SATA enquanto o computador está em execução não é uma boa idéia (a menos que sejam portas hot-plug com o suporte relevante em Seven, não impossível, mas definitivamente não é comum).