xrandr alterará apenas a orientação da tela e nem sempre a orientação da mesa gráfica. Para isso, você precisa usar xsetwacom :
xsetwacom stylus rotate ccw
xsetwacom eraser rotate cw
etc...
Veja a página man para detalhes completos: man xsetwacom , se você quiser que as alterações sejam perminantes, adicione os comandos a um novo arquivo no seu diretório pessoal chamado .xinitrc e agora suas configurações serão carregadas na reinicialização.