Após algumas experiências, parece que as alterações são persistentes.
Minha experiência foi que desabilitar o SIP dura apenas uma reinicialização; ou seja, você desabilita o SIP via terminal de comando no modo de recuperação do sistema operacional e reinicializa a máquina, e o SIP será desativado para essa sessão. O SIP permanecerá desativado mesmo que o computador seja colocado em suspensão. No entanto, o SIP será reativado após um segundo desligamento ou reinício. Quaisquer alterações feitas durante o período em que o SIP está desativado persistirão. As alterações que você fizer também persistirão após a atualização, por exemplo, de 10.11.1 a 10.11.2.