O mais fácil é com o avconv (e sem opções especiais):
avconv -i samplevideo.rm samplevideo.flv
(no caso de alguém sugerir o ffmpeg: O FFmpeg faltando nos repositórios oficiais em 14.04? )
Instalação do avconv:
sudo apt-get install libav-tools
Para todos os seus usuários de GUI (yeah you!):