Eu tive o mesmo problema, já que uso uma TV para assistir vídeos. O VLC se recusou a lembrar sua tela, que eu defini como No. 2, seu tamanho e posição. Assim, pensei que algo havia sido alterado nas versões posteriores, mas estava errado.
O Windows pode se lembrar exatamente de onde e em que tamanho iniciar o VLC se você pressionar a tecla Ctrl e fechar a janela do software com o botão X no canto superior direito.
Existe uma condição, no entanto. Não funciona se a janela do VLC tiver sido maximizada. Clique no botão do meio e defina o tamanho e a posição antes de fechar o VLC.