Bem, eu diria que o Eclipse é uma ferramenta ruim para o desenvolvimento do JavaScript, mas não gosto do Eclipse nem do Java.
Opiniões à parte, você precisa lembrar que o JavaScript foi projetado como uma ferramenta de script para ser incorporado em outros ambientes, principalmente em páginas da Web.
Para fazer o que você deseja, você precisa criar uma página HTML com o arquivo JavaScript referenciado como um script.
A abordagem alternativa é usar o Node.JS para hospedar seu JavaScript em vez de um navegador. Você pode usar o projeto Nodeclipse para isso.
Se você não está casado com o Eclipse, há muitas outras opções. Minha escolha atual é o Brackets da Adobe. Este é um editor em vez de um IDE completo, mas é construído em torno do Node.JS para que você possa executar o JavaScript a partir do editor.