Eu não acho que haja qualquer diferença entre os dois, é que depois de executar um comando usando Alt + F2 o traço é fechado antes de você ver os resultados / saída. Mas é usado de acordo com diferentes propósitos como segue.
Use Alt + F2 ao executar comandos que não esperem saída ou que abram um aplicativo externo. Exemplo: gksu nautilus , que abre uma janela do nautilus raiz.
Para os comandos que esperavam uma saída - ls , rm , find , update , upgrade , install , etc, recomendamos usar o terminal.