Eles não são diferentes
Suponha que você já tenha instalado o Ubuntu e queira experimentar o Kubuntu. A maioria das coisas já está lá. Instale o Desktop Environment (DE), opção 1.
Agora você tem os dois. Cada DE vem com alguns aplicativos padrão. Você pode usar qualquer aplicativo em qualquer DE. Você pode efetuar logout de um DE e efetuar login novamente no outro DE. Seus arquivos estarão no mesmo lugar, apenas o ambiente será exibido e funcionará de maneira diferente.
Agora, suponha que você goste mais do KDE e não goste do Unity. Você tem outro computador e quer o KDE nesse. Instale o Kubuntu diretamente no computador. Vá para a opção 2. O Kubuntu usa o Ambiente de Área de Trabalho do KDE, o Ubuntu usa o Unity por padrão. Mas ambos são a mesma distro (Ubuntu).
Aplicativos padrão
Os aplicativos padrão são diferentes em diferentes DEs. Alguns DEs têm aplicativos padrão mais comuns que outros. Por exemplo, o Unity e o Gnome têm muitos aplicativos padrão comuns. Os aplicativos padrão no Unity e no KDE são um pouco diferentes. Se você iniciar com o Unity e instalar o Kubuntu-desktop, opção 1, você terá os aplicativos padrão do DE.
Se você escolher a opção 2 e instalar o Kubuntu, ainda poderá instalar alguns aplicativos padrão do Unity, se gostar mais deles. Por exemplo, você pode instalar o Firefox, o navegador padrão do Ubuntu, em uma nova instalação do Kubuntu.
A diferença entre os sabores está no conjunto de pacotes instalados. No entanto, todos os tipos de Ubuntu usam o mesmo repositório para o download de atualizações, portanto, o mesmo conjunto de pacotes está disponível, independentemente de qual sabor você tenha instalado. Novos sabores precisam passar por um processo para se tornar um Sabor Reconhecido.
Referência: Flavors do Ubuntu
Espero que isso ajude