Você provavelmente precisará alterar o diretório de trabalho no lote antes de iniciar o executável. Verifique o diretório inicial no atalho e adicione um cd a esse local como primeira linha no arquivo em lote. Caso contrário, ele provavelmente acabará iniciando o executável com o diretório de perfil de usuário ou windows \ system32 como diretório de trabalho, o que pode causar problemas, dependendo da forma como o software foi escrito.