Como já foi dito nos comentários, você pode usar o SSH com o encaminhamento do X11. Você precisa executar um servidor SSH em B. Em seguida, conecte o SSH em B em A via ssh -X <B>
e execute os programas que deseja na linha de comando.
Ao usar o encaminhamento X11, as janelas abertas em B usarão o gerenciador de janelas existente em A, em vez de estarem contidas em uma única janela em A.