Após muita experimentação, descobri que tinha configurado meu ambiente de desenvolvimento de máquina virtual como Html5 e não php. Os arquivos PHP estavam funcionando corretamente, pois o servidor era o apache, mas por alguma razão que ainda me escapa, o gerenciamento da permissão é diferente.
Depois de mudar o ambiente para o PHP, os comandos que não funcionavam anteriormente foram capazes de descobrir o problema.
Aqui está a "solução" a ser tomada com um grão de sal, pois minha proficiência na questão é bastante limitada
Dando seu próprio usuário (cabox), o 775 não faz nada, já que apenas o usuário 'www-data' tem o direito de criar, modificar, deletar arquivos no servidor, quando o site está sendo executado.
sudo chown -R www-data:www-data /home/cabox/workspace chmod 775 /home/cabox/workspace
isso funcionou.
Agora, no codeanywhere, se eu alterar o nome de usuário para 'www-data', perderei minha capacidade de trabalhar no servidor, criar, modificar, excluir arquivos. Eu pensei que a solução era definir os direitos como usuário (cabox) e grupo (www-data) e dar a eles os mesmos direitos, mas até agora isso não funcionou, então ainda precisamos descobrir esse bit
Espero que ajude as pessoas que encontrarão o mesmo problema no futuro. Demorei uma semana, um pouco frustrante:)