Se o sistema de arquivos errado estiver sendo montado na inicialização, você precisará editar a configuração do grub. Você poderia tentar o seguinte primeiro:
update-grub
Dependendo de qual versão do grub você tem, a configuração gerada será em /boot/grub/menu.lst ou /boot/grub/grub.cfg ; Eu estou supondo que você tenha o último (a mais nova variação para o grub2). Verifique a configuração de linhas como --set=root uuid... , veja se estão corretas. Caso contrário, edite o arquivo (ignorando o comentário para não editá-lo) e reinicie. Depois disso, o sistema de arquivos raiz correto deve estar correto e fazer o update-grub novamente, agora a configuração deve estar correta.