Se o sistema de arquivos errado estiver sendo montado na inicialização, você precisará editar a configuração do grub. Você poderia tentar o seguinte primeiro:
update-grub
Dependendo de qual versão do grub você tem, a configuração gerada será em /boot/grub/menu.lst
ou /boot/grub/grub.cfg
; Eu estou supondo que você tenha o último (a mais nova variação para o grub2). Verifique a configuração de linhas como --set=root uuid...
, veja se estão corretas. Caso contrário, edite o arquivo (ignorando o comentário para não editá-lo) e reinicie. Depois disso, o sistema de arquivos raiz correto deve estar correto e fazer o update-grub
novamente, agora a configuração deve estar correta.