O tamanho do cluster, a menor quantidade de espaço em disco que pode ser usado para armazenar um arquivo [1], seria o mesmo para NTFS como FAT32 [1]. Esse é um ponto confuso, e isso faz disso uma boa pergunta. Por que então haveria diferenças nos tamanhos de formatação? Como já mencionado, existem mais recursos incorporados ao NTFS do que ao FAT32. O NTFS fornece coisas além do FAT, como metadados em arquivos (nome do arquivo, data de criação, permissões de acesso e, às vezes, conteúdo), listas de controle de acesso de segurança e registro no diário do sistema de arquivos. Esses recursos melhoram a confiabilidade, segurança e flexibilidade; mas eles também levam a restrições de espaço ligeiramente maiores, o que se vê quando os tamanhos dos clusters são os mesmos. É importante observar que, se o seu USB for maior, as camadas NTFS para tamanhos de cluster aumentarão mais lentamente que o FAT32. Então, você veria o contrário de sua observação em unidades USB maiores [1].
O maior contribuinte para a discrepância na diferença de tamanho é a diferença nos tamanhos das tabelas usadas para rastrear quais arquivos estão no drive USB.
O FAT32 usa a Tabela de Alocação de Arquivos, que é mais simples e menor que a Tabela de Arquivos Mestre em NTFS.
"O NTFS reserva 12,5% do volume para uso exclusivo da MFT até e a menos que o restante do volume seja completamente usado" [2].
A complexidade de comparar o espaço reservado está além do escopo desta resposta, mas posso encaminhá-lo para outros parâmetros de pesquisa, como "espaço reservado", "tamanho MFT versus FAT e" setor de inicialização ".