Observação: eu não tentei fazer isso porque não tenho esse problema. claro, sinta-se à vontade para editar esta resposta se forem necessárias alterações.
Isso é relatado como um bug no Ubuntu Gnome, mas não estou surpreso que isso também afete o Debian. A solução parece estar adicionando . /etc/profile.d/vte.sh ao final de seu ~/.bashrc ou ~/.zshrc (dependendo se você usa Bash ou ZSH).
Observe que, se você já tiver um PROMPT_COMMAND definido no Bash, isso o substituirá; Acredito que, nesse caso, você precisa definir seu PROMPT_COMMAND personalizado após a linha adicionada e não se esqueça de chamar __vte_prompt_command . Novamente, porém, eu não tentei isso e alguma experimentação pode ser necessária.